ファイルのバックアップと同期のためにGoodSyncを導入したのですが、このグッドシンクコネクトというのはどのような機能なのでしょうか。

グッドシンクと申されておるのはこちらのソフトウェアということでよろしいでしょうか。
http://www.goodsync.com/jp/manual.html

簡単に申しますと二つのパソコンをこのソフトウェアで接続しそれぞれのパソコンのフォルダの中身を同じにしてくれるということでございます。
接続する片方のパソコンではファイルを作成・更新・削除するような操作を行わない場合におきましてはもう片方のパソコンの内容の写しが作成されるということでございますのでバックアップを行っているということになるのでございます。

使い方は先程のマニュアルにございますように以下のような手順で実施致します。

同期の手順
通常グッドシンクのユーザは以下の手順で同期を行います：
0. 同期を行いたいフォルダを選択する
1. 解析
2. ユーザがグッドシンクの解析結果を確認する
3. 同期（シンクロ）

常に複製を作成しておくには「自動タブ」というところから実施のタイミングを指定することで実現できるようでございます。

説明書きを読んでもあまりピンときませんが、要はVPNを構築するということでしょうか。

接続の方法はいくつか選べるようでございますがＶＰＮとは関係ございません。
接続するパソコンの種類やつなぎ方に応じて選ぶことになると存じます。
つなぎ方と申しますのはふたつのパソコンが遠隔地にある場合にはファイヤーウォールなどを介して接続いたしますがその際に置いて一般回線を使用する場合には接続手段を制限するのが通例でございます。
その場合には接続するために使えないプロトコルがございます。
また一般回線では暗号化などの措置も必要かと存じます。
このソフトウェアとは別にＶＰＮ回線を開いて暗号化するという方法もございますが接続方法にございます「セキュアＦＴＰ」というものをお使いになれば通信手段で暗号化をすることが可能でございます。

乱筆乱文でございますが理解の一助となれば幸いに存じます。