３dsサウンドで聴くためにSDカードに曲を入れたんですが、

質問の内容がよくわからないのですが、

・深い階層というか3DSは8階層までしか認識ができないので
それより深いところにフォルダ分けすると再生ができません。
・フォルダに入れないとMUSICとして自動でまとめられます。
・使用できない文字は？で表示されますが、曲のファイル名は
どういうものでも、再生できるファイル形式なら再生はできます。


取扱説明書の64ページあたりに詳しくありますので、
確認されたほうがいいかと思われます。

取り敢えずMP3は再生できるから、

まあ3DSで再生できるフォルダになってればOKかと思われ。