iTunesの「iTunes Media」ファイル内の音楽をDドライブに移動すると、

ライブラリから項目を削除した場合、本体のファイルあるいはフォルダも削除されてしまいます。
「iTunes」(ユーザーフォルダ\Music\iTunes)には、iTunesの設定ファイル等が保存されているので削除されません。
ライブラリに追加してある上位フォルダ「ユーザーフォルダ\Music」を削除して、下位の必要なフォルダ「ユーザーフォルダ\Music\～」を追加し直してみてください。
※あるいは項目「iTunes」が表示されていても気にしないようにするしかありません。

・ライブラリ: よく寄せられる質問
http://windows.microsoft.com/ja-jp/windows7/libraries-frequently-asked-questions
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ライブラリまたはライブラリ内の項目を削除するとどうなりますか。

ライブラリを削除すると、ライブラリ自体がごみ箱に移動します。ライブラリ内で利用できたファイルやフォルダーは、他の場所に格納されているため、削除されません。4 つの既定のライブラリ (ドキュメント、ミュージック、ピクチャ、およびビデオ) のいずれかを誤って削除した場合は、そのライブラリを元の状態に復元できます。復元する場合は、ナビゲーション ウィンドウで [ライブラリ] を右クリックし、[既定のライブラリを復元する] をクリックします。

ライブラリ内からファイルまたはフォルダーを削除すると、それらは元の場所からも削除されます。ライブラリからは項目を削除し、その項目が実際に格納されている場所からは削除したくない場合は、項目が含まれているフォルダーを削除します。ライブラリからフォルダーを削除すると、そのフォルダー内のすべての項目が削除されますが、項目の本体は削除されません。詳細については、「フォルダーをライブラリに追加する」を参照してください。

同様に、ライブラリにフォルダーを追加した後で、元の場所からそのフォルダーを削除すると、ライブラリ内でもそのフォルダーを利用できなくなります。
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・フォルダーをライブラリに追加する
http://windows.microsoft.com/ja-jp/windows7/include-folders-in-a-library


※フォルダをライブラリに追加したり削除する方法やライブラリの機能については、次のページも参考にしてみてください。
http://www.asahi-net.or.jp/~gx4s-kmgi/oth46.html