「君、変わってるね」というのと「君、個性がないね」とでは

　個人的には、両方とも、ほめ言葉になってないと思います。

　ふざけたり、ジョークが通じるようなラフなコミュニティの中であれば、「変わっている＝周囲と違った趣味で興味深い」と受け取る人もいるでしょう。
　しかし、仕事上のお付き合いであれば、「変わっている＝周囲に溶け込めてない」という解釈になる可能性があります。

　個性がないというのは、もう、問題外だと個人的に思います。大人しくて、自己主張をしない方であっても、その事自体がその方の個性だと思いますから。

id:Kaoru_A

ほめるなら「個性的だね」
変わってるねは微妙にネガティブ、悪い方の意味合いがあり、個性が無いは間違いなく否定的、けなした表現です。
ただ、変わっているのは個性が有りすぎる事をほのめかしているのであって、個性が無いとは矛盾します。どちらか、と比較対象に持ってくる言い方ではありません。

相手の価値観によっても、違ってくると思います。
「ほめことば」というものは、「ほめる側とほめられる側の価値観がある程度同じ」であって成り立つものだと思います。
「ほめる」という行為には、「ほめる人自身の持つ価値観を、相手に対して表明する」ことが隠れていると考えられます。
言われた側が、「変わってる」や「個性がない」という言葉に対して「プラスの意味の価値観」を持っているのなら、ほめ言葉と解される場合もあるかもしれません。