はてなプログのCSSでボックスと呼ばれるところを透明にしたいのですが、

どのボックスを透明にしたいのか分かりませんが、目的に合わせて次のどちらかを試してみてください。

・記事とサイドバーを透明にしたい場合

#content {
filter:alpha(Opacity=50);
opacity: 0.5;
}

・サイドバーだけ透明にしたい場合

#content {
background: transparent;
}

#wrapper {
background-color: #fff;
}

#box2 {
background: #fff;
filter:alpha(Opacity=50);
opacity: 0.5;
padding: 15px; /* ここは好みで指定(※ボックスの枠と内容の余白を設定して、見映えを整えています。) */
}

※上記のどちらを試しても希望と違う状態になる場合は知らせてください。