車のボディーコーティングについての質問です。

1.メンテナンスキットは通常の水洗いだけでは落ちない水垢などの汚れを落としつつ、効果を持続させる為のものです。

2.ボディーコーティングしてあっても多少の汚れや水垢は付きます。
（黒系の車は、水垢汚れは目立ちませんが付いていることは付いています）
使い方ですが、まずたっぷりの水で砂や埃などを流します。
そして「ボディシャンプー」で水垢などの汚れを落とします。（スポンジ使用、親水状態に）
ガラスコートが取れるので、強く擦り過ぎないように。
それから、大きな布で水分をふき取ります。
そして、もう一つの布に「ボディローション」を含ませて塗ります。（撥水状態に）
車のボディが高温になっている時は避けてください。
円を描くように塗るのではなく、一定方向に直線的に塗ります。

ここもちょっと参考にしてください。
http://eco-run.com/car/2005/11/post_151.html

※私も違うメーカーですが、納車時から同様のコーティング処理はしています。

新車での購入でしょうか？
トヨタのディーラーで新車購入時にコーティングした場合、５年保証で、１年ごとメンテナンスをする（ディーラーに持って行き見て貰う）、という条件になっているものがあります。
貴方が購入したわけで無くても、ディーラーに相談されてみてはどうですか？

メンテナンスキットは、水垢取りや、コーティングの持続が目的です。

これが参考になるのではないでしょうか？
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1043960195

http://www.murayamashouji.com/maintenance.html

こちらをみるのはどうでしょうか。