勤めている会社から、ストックオプションを行使した後6ヶ月以内に退職した場合、利益は会社に返却しなければならないとの連絡を受けましたが、これは法律的に正しいですか？

ストックオプションと自社株売買は別の行為なので、分けて考えてください。

ストックオプションの権利行使可能期間については、多くの会社は社則などで定めています。
また、自社株の売買についても、社則または社員持株会規則でその時期を規制している場合があります。
まずは該当する規則があるかどうか確認してください。

ストックオプションの権利行使については、会社（というより株主総会）が決めるべきことなので、ルールに従うしかありません。
商法・証券取引法の観点からすれば、自社株とは言え自由な株式取引を制約する規則があることは好ましくありませんが、あなたはこのルールの存在を知って雇用契約を結んだ（ないしは雇用後にルールの成立を承認した）ことになりますので、異議を唱えることはできません。

ストックオプションは社員に付与された権利なので、退職当日までに行使すればよいと思います。ストックオプション行使後6ヶ月は会社にいなければ利益は与えないというのは、おかしくないでしょうか？
やり方として、せこい気はしますが、会社がどう権利を与えるかという契約ごとなので、法的には問題ありません。
会社によっては、退職後も一定期間権利を与えているところもあります。

背景事情が見えない部分がありますが、、、

上記に記載されている「ストックオプション」とは、会社（企業）の役員や従業員が、一定期間内に、あらかじめ決められた価格で、所属する会社から自社株式を購入できる権利ということでよろしいでしょうか？

ベスティングといって、一度に権利行使を行い、一斉に退職されるのを防止するために、株を購入する権利を行使するまでに1～2年、全部の権利を行使するのに3～5年の期間を必要とする設定にしているケースは多いかと思いますが、今回のケースは、株を購入する権利を行使した後に生じた利益について、退職期間に「条件」をつけて、期間経過前に退職した場合には、「利益分＝時価－行使価格」を返還させる条件にしているということでよろしいでしょうか？

まあ、契約違反にもどづく利益返還条項ということなんでしょうけれども、仮にその要求に応じなかった場合、不当利得返還請求が可能かどうかと考えてみると面白いですね。

上記のストックオプション行使に伴い発生する利益を「賞与」とすると、ボーナス支給月後に退社した場合における「返金」問題について、ベネッセコーポレーション事件（東京地判平8.6.28）では、労働者に対する将来の期待部分の範囲・割合については、諸事情を勘案して判断すると、賞与額の２割を減額することが相当であるとしています。（茨城労働局）
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/3421210.html

今回のケースは「賞与」としてあらかじめ定義されたものではないですし、必ずしも利益が発生するか否か確定的ではないため、このあたりの法律や判例をかいくぐることを期待して、全額返金を目論み、策定されたものであるように推測もされたりします。

実際に期間6ヶ月以内に退職する場合において、ストックオプション行使に伴い利益が生じていた場合の「綱引き」の落としどころとしては、退職までの経過期間を「日割り按分」するところになりそうですが、いかがでしょうか？

金額次第では、きちんと弁護士に相談されることをおすすめします。（まあ、半年くらいならば、在籍していた方が面倒なさそうに思えますがｗ）

今回の「契約」自体は、「公序良俗（民９０条）」に反していないように思われますが。
http://ja.wikibooks.org/wiki/%E6%B0%91%E6%B3%95%E7%AC%AC90%E6%9D%A1

やはり会社の社則によって違いますね
リンクの場合だと「退職した時点でストック・オプションは失効する」とあります
http://www.k3.dion.ne.jp/~afujico/siwake/swk900207.htm

権利行使条件(その2)：行使時において取締役又は従業員の地位にあることを要し、退職した時点でストック・オプションは失効する。

http://business.nikkeibp.co.jp/article/world/20110707/221337/?rt=nocnt

こちらをみるのはどうでしょうか。