日本から香港⇔深センの出張予定に、南京の会社に行く予定も出てきました。南京へ向かう最短、最安ルートをご存じの方おりましたら、ご教授ください。

http://www.cheapoair.com/Default.aspx?tabid=1685&sid=1&oa=NKG&da=HKG&adt=1&chd=0&snr=0&infl=0&infs=0&dd=10-08-2013&rd=10-09-2013&tt=ROUNDTRIP
香港からならhainan　airlineで410ドルです

期日が決まらないと最安とかの議論は無駄だと思いますよ。
特にこれからの時期は盆休みの最繁期ですので、自由度は少ないです。

便数の無い日本と南京間の直行便は
キャンセル待ち以外絶望的ではないでしょうか。

最安になるかどうかは判りませんが（たぶん高いけど）
JALなら中国東方航空とコードシェアしてるので
フライトスケジュール（東京）／中国東方航空
フライトスケジュール（大阪）／中国東方航空
成田（関空）→香港　深セン→南京　南京（上海）→成田（関空）
とかの経路も選択可能です。
ビジネス目的で日程がタイトだったら余程高くなければこの経路にしますね。

安く上げたいなら、
１）日程犠牲にして中国東方航空のキャンペーンチケットあたりを探す。
http://jp.ceair.com/
２）日本からは上海までの格安往復にして、中国国内を別チケットにする。
上海→香港、深セン（広州）→南京、南京→上海（多分鉄道のほうが速い）
が良いと思いますが、詳細を薦められるほど詳しくなく申し訳ありません
自分で節約していくならという程度で、ビジネスなら選択しません。

深セン→南京とかも日本語サイトでちゃんと出るので（日程や経路変えるだけ）
中国東方航空 - 上海、北京、西安、大連、煙台、成都、武漢、青島、南京、深セン、昆明の特別航空券を販売します
安くも無いサイトを適当に検索しただけのポイント狙い回答者に乗せられないように注意！

選択肢は国内航空になるでしょう。

格安中国航空券 検索：深圳→南京
http://www.rakutabichina.com/Cheap-Flights-from-Shenzhen-to-Nanjing-SZX-NKG

http://www.51766.com/traffic/lists/coach_1003201_1004403.html
電車なら338元（5040円）です

http://www.skyscanner.jp/flights/szx/nkg/cheap-flights-from-shenzhen-to-nanking---nanjing.html?oym=1308&iym=1308&rtn=1
ここをみてみてください。