USBを学生に貸したら、その後、USBメモリのファイル表示がおかしくなってしまいました。

とりあえず、とりあえずの疑問でしかありませんが、全部選択してコピーし、もとあったパソコンに専用フォルダを作ってその中に丸ごと貼ってみてもやっぱりそういう表示なのでしょうか？
書き込みがおわらないうちに抜くなどと物理的な操作ミスで電子データが破壊された場合はちょっと復旧はムリかもしれません。できればｕｓｂには唯一無二のデータを長居させたくないですね…

学生A，学生B，USBメモリに対し，ウイルスの精密検査をもう一度行って下さい。
また，データ移し替えの際，安全に取り外す操作をされたのでしょうか。

ファイルの中身が正常であれば，一つ一つファイル名を変えた方が良いかと。
ただ，ファイル閲覧不能，壊れている場合は，専門業者に依頼されると良いかもしません。

>推測ですが、おそらく「安全に取り外す操作」はしていないと思います。
私も「安全に取り外す操作」は面倒なので，理解できます。ただ，アクセスランプが消えていることを確認はしています。
データの移動中はその操作を無視してしまうとそのようなトラブルになってしまいますね…

復元ソフトは前回答者の
http://www.intercom.co.jp/recovery/
がオススメです。私も，何度も助けられましたｗ

ただ復元できない場合は，専門の業者に依頼した方が，プロですし，成功する可能性があります。