会社で支給される交通費が各自違うのは不公平じゃないですか？

会社規定で色々ありますが、交通費は賃金ではなく、あくまで経費として実費が出るのが一般的です。
実際にかかっている交通費に見合った分しか出ません。
もし、平等、一律的に出た場合は経費としては認められず、賃金として所得税の対象になります。会社としてはどっちでも経費として法人税控除の対象になるから構わないんですよ。じゃ、全員一律月千円て事で。

不公平じゃないです。
通勤時間も勤務時間に含めて欲しいぐらいです。

電車賃は出るのにガソリン代は出ないのは不公平だと思います。

不公平じゃないです。以上。

はい、不公平です。もらう給与が違うのも不公平です。役職や責任が違うのも不公平です。
美人に産まれる人とブスに産まれる人がいるのも不公平です。巨乳と貧乳がいるのも不公平です。
お金持ちの家に産まれる人と、貧乏な家に産まれる人がいるのも不公平です。
この世に公平なものなんてありません。

交通費として支給されたお金は、結局その交通費に消えるわけですから、少なくとも受け取る側にとっては不公平ではないと思いますが。
会社の立地によっては、「遠距離に住むと家賃が安い」「近距離だと家賃が高い」という場合はありますが、その場合、近距離に住む人は「通勤時間が短い」という、お金に換えられない利益を得ています。その価値が「家賃の高さ」より重要なら近距離に住めばいいですし、時間より家賃が重要であれば遠くに住めばいいというだけの事かと。

公平だが不平等。