手描きアニメを作りたいです。

　
みんなにみてもらえるかも、となるとまずはflipbook.in - みんなのパラパラ漫画コミュニティ
うごめもができるより前からやっている老舗サイトです。
　GIFアニメ(アニメーション)作成 | 画像加工編集サイト・フリーソフト：無料写真加工ならバナー工房
GIFアニメ作成サイト。透過も可能。ウェブで無料作成できます。HTML5、JavaScriptで動作。
Giam ダウンロードのページ
http://mcgif.nexz.jp/
http://www.animegif.net/
　つかいやすいかわかりませんがぐぐったらいきなりいっぱいでてきました（にたよななまえだし）。
透かしがつかいたいのであれば、やはりレイヤーで半透明がつかえてjpg保存できるソフト（けこういっぱいあるとおもいます）で描いて、全部さっきのサイトでアップすればいいとおもいますよ。

　１つのフォルダの中に、連番ファイル名で複数の静止画像を作っておけば、あとは FFMpeg で動画を作成する事が出来ます。

例
http://d.hatena.ne.jp/masa_cbl/20121224/1356351122
http://www9.plala.or.jp/ensemble/doc/videofile/ffmpeg_seq_images.html
http://pumpkinkaneko.com/ffmpeg%E3%81%A7%E9%9D%99%E6%AD%A2%E7%94%BB%E3%81%8B%E3%82%89%E5%8B%95%E7%94%BB%E3%82%92%E4%BD%9C%E3%82%8B%E3%81%A8%E3%81%8D%E3%81%AE%E3%82%AA%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%AB%E3%81%A4
http://opensourceaki.blogspot.jp/2007/10/ffmpeg_19.html

　FFMpeg は Linux、Mac OS X、Windows などで使えるフリーソフトで、文法もほぼ全て同じですので、使えると色々重宝します。
　「携帯動画変換君」など、多くのフリーソフトが内部で FFMpeg を使っていますし、サーバ運営者が動画配信にも使っています。動画関連ソフトの定番の１つです。