スキャンスナップで領収書をスキャンすると、それを自動的に会計登録してくれるサービスや方法はないでしょうか？

ScanSnap はスキャナでは一般的なTWAINのAPIが提供されておらず、数年前に調べたときには開発キットが100万くらいしたのでなかなかサードパーティのツールがそろわない状況でした。
先程調べてみたら開発キットが無償化されたようです。
http://scansnap.fujitsu.com/jp/support/sdk/info-sdk.html
（サポートは有償）

質問されているようなサービスなりツールなりが充実してくるのはこれからかもしれません。

直接的な方法ではないのですが、現時点で一番手間がかからないのが「やさしく家計簿エントリー for ScanSnap」を使う方法だと思います。
http://scansnap.fujitsu.com/jp/software/hkbook.html

やさしく家計簿はデータをCSVでエクスポートできるので、それを加工して会計ソフトに入力するのが良いのではないかと思います。
http://ameblo.jp/harunorika/entry-11054231545.html

こういったものを試してみるのはいかがでしょうか？
体験版もありますので、とりあえず
http://www.pfu.fujitsu.com/raku2library/client/feature.html

領収書管理

こちらを見つけましたのでお伝えしますね。
ご参考になりますと嬉しいです。
http://www.icsics.co.jp/product/2013/08/ar-ps-1.html
原票会計システム
・領収書を読み取り、仕訳データの作成をアシスト