ドコモのｅビリングを利用している場合、ショップで直接払いはできますか？

ショップでの支払いには基本請求書が必要な様です。
https://www.nttdocomo.co.jp/info/notice/page/070104_00.html

ただし、請求書を発行してもらう条件ではｅビリングの割引は効かなくなります。
https://www.nttdocomo.co.jp/charge/online/ebilling/notice/

お支払い方法が口座振替、クレジットカードによる料金のお支払いであることが本サービスの提供条件であり、口座振替、クレジットカードによる料金のお支払いが未登録または廃止処理された場合は本サービスの提供対象外となります。なお、お客様ご指定口座から振替ができなかった場合またはクレジット会社から取り扱いできない旨の通知があった場合は、本サービスの割引適用対象外となります。
口座から振替ができなかった場合、またはクレジットカードによる料金のお支払いがクレジットカード会社から承認されなかった場合は、請求書を郵送いたします（翌月のご請求金額の割引はありません）。

クレジットカードによる場合は支払い停止出来るか分かりません。口座振替の場合、口座を空にしておけば振替出来ず、請求書が来ます（口座がなくなるなどでなければ外見上ｅビリングは継続される）。

それ以外に前払いしておく方法もありますが、コンビニでの入金は出来るものの、ショップでは入金出来ないようです。
http://docomokouza.jp/sp/about.html
コンビニ払いでよければこちらが良いと思います。