win8→8.1にアップデート後からサイト内の映像部分（flash）が真っ黒になり見れません。本症状はie11ですが、chromeでは正常に見れます。ie11で見れるようにしたいのですが良い方法はないでしょうか？

アドオンが無効になっていませんか？
http://windows.microsoft.com/ja-jp/internet-explorer/help/adobe-flash-not-working

Google chrome と Internet Explorer のFlash Player は違います

Google chrome は Flash Player 内蔵式です
Internet Explorer は Flash Player をインストールする必要が有ります

アドオン管理画面にてShockwave Flash Object 「有効」→ ( 11.8.800.94 などのバージョン数字表示 )
きちんと表示されていない場合はインストールし直す必要があります。

マイクロソフトのサイトで「flash」で検索したら、以下のページが見つかりました。
http://windows.microsoft.com/ja-jp/internet-explorer/videos-dont-work#ie=ie-11
色々書かれていますが、「互換表示をオンにする」というのはどうでしょうか？

ソフトウェアレンダリングモードにしてみるのはどうでしょうか。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/dn338138.aspx