2HDのフロッピーは潜在的には1.6MBの容量があり、PC-98の方式でフォーマットを行えば1.2MB、IBM互換機の方式で1.44MBということは間違いないですよね。一方、フロッピーは通常はFAT12という方式でフォーマットされていると聞きます。この1.2MBと1.44MBの二つの規格とFAT12とはどういう関係なのでしょうか？FAT12にPC-98版とIBM互換機版があるということでしょうか？それとも、OSからは1.2MB、1.44MBのディスクデバイスとして見えていて、その与えられた容量の上で共通のFAT12というフォーマットが行われるのでしょうか？
ついでの質問なのですが、（音楽用等の特殊用途を除いて）歴史的に大多数のパソコン用のフロッピーのフォーマットにはFAT12しかないと思って間違いないでしょうか？
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日本国内での 2HD と、IBM-PC での 2HD で、ファイルシステムとしては別段、違いは無いですが、その下のレイヤーで違いがあるため、そもそも、対応している FD ドライブが違う、ということがありました。
フロッピーディスク - Wikipedia
上記ページの「2HD形式（日本のパソコン）」と「2HD形式（PC/AT互換機）」を比較すると分かると思いますが、回転速度やセクタサイズ、セクタ数といった違いがあります。
パソコンで使われた FD のファイルシステムが FAT12 でほぼ間違いないのはその通りですが、そもそも、FD ドライブ自体が対応しているかどうかで、実際に読み書きできるかが決まってしまいます。例えば、非国産 PC やドライブで、1.2 MB の 2HD FD は読み書きできない可能性が高いし、90 年台前半の NEC PC-98 シリーズ、および、その互換機では、1.44 MB の FD は読み書きできません。
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ドライブの回転数（360rpm/300rpm）が違いますよね。
2014/03/22 19:14:05アンフォーマット容量（1.6MB/2MB）も違っています。
即ち物理的なフォーマットの差ということだと思いますよ。
回答ありがとうございます。1.6MBと2MBの二種類のメディア（フォーマット方式）があるという話とは別に、アンフォーマット容量1.6MBの方のメディアの場合であっても「1.6MBのアンフォーマット容量のメディアで、実用量に1.2MBと1.44MBの２種類があることも物理的なフォーマットの差である」という理解でよろしいでしょうか？
2014/03/22 23:01:00