今度修学旅行で京都へ向かうのですが銀閣寺～南禅寺周辺で昼食を摂ろうと思っています。そこで同地区でオススメのお店がありましたら教えてください。

残念ながらありません。
銀閣寺～南禅寺あたりは観光地価格の京都っぽい食事を出す店は多いですが、1000円程度だと若干厳しい。
にしんそばならかろうじて収まるかと言ったところ。
お菜ところ http://osaitokoro.com/menu.php
ふろうえん http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26005940/

銀閣寺周辺は観光客向けの店、ものすごく高い店がほとんど。
京都っぽさにこだわらないならおいしいラーメン店や定食屋も少し歩けばあります。
セカンドハウス http://www.secondhouse.co.jp/cw2-top.html
キッチンなかお http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26006555/
シズク http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26003764/
ますたに http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26001839/
あかつき http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26000999/
東龍 http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26000193/
みのり http://www.soba-minori.com/

銀閣寺に行くなら白川今出川の交差点の南東角の京都銀行の南にあるお店でパインジュースをぜひ飲んで下さい。たったの50円！！！天気のいい日ならとてもおいしく感じると思います。暑い日はアイスキャンデーもどうぞ。
http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26001864/

銀閣寺と南禅寺をつなぐ道と言えば哲学の道で、私もおすすめのコースですが、このあたりのお店は総じて高いです。
が、雰囲気のよいところなので予算が許すならどうぞ。
白川通りまで出てもあまりお店はないです。
ケーキを食べるならいいところはあるんですけどね。

ゴスペル http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26000296/
オオマエ http://tabelog.com/kyoto/A2603/A260302/26004728/ （販売のみ）


南禅寺の方は湯豆腐しかありません。1000円以内の店はないでしょう…
この辺で食事をするなら西の方の岡崎（平安神宮周辺）まで行く必要があります。
山本麺蔵 http://www2.plala.or.jp/menzou/
岡北 http://www.kyoto-okakita.com/index.html
グリル子宝 http://www.grillkodakara.com/grillkodakara/homu.html


南禅寺では水路閣（水路橋）と三門にぜひ上って下さい。
あと隣の永観堂もおすすめです。拝観料が高めですけど広くて見応えがあるし、見晴らしもよい。
水路閣に上ったらそのまま奥まで行ってインクラインに出て線路沿いに歩いて下ってねじりまんぽまで行くといいです。
桜や藤の季節だと花が綺麗なんですよね。

以上ですが、あまり参考にならなかったかも知れませんね。
正直なところ予算が限られているなら銀閣寺や南禅寺周辺で食事をするよりは京大のある東大路の方まで出て食事をした方がいいと思います。
京大時計台前のカンフォーラとかどうですか。
http://www.s-coop.net/shop_info/yoshida_head/camphora/