魚はなぜ美味しくなってしまうのでしょうか？

　魚が美味しいから食べると言うより、美味しい魚だから食べられる（食卓に上る）のじゃないでしょうか。
　「美味しい」というのは、食べる側の感覚で、捕食側の進化の産物だと思います。

　一方、美味しい魚は、(人間の)乱獲により、自然の中では数を減らしているもの事実です。きちんと保護しないと、「美味しい」魚は(人間により)淘汰されるのかもしれませんね。
　そうなると、将来的に不味くて食べられない魚ばかりが残ることになりますが、そうなったらなったで、その魚を美味しく食べられるように人間側が進化するのかもしれません。（そうか加工・調理するか）

それは「なぜ全ての魚はフグのように毒を持たないのか」と問うのと変わりませんね。
毒を持ったり、自分自身を不味くするような進化を遂げて生存を図った種ももちろん存在しますが、一般的にそういう機能は、それだけ生体的には負荷となります。
特に何もしなければ、たいていの動物の肉は普通に美味しくなってしまうので、自らを不味くするためにはそれなりに負担が発生し、そのぶん消費エネルギーがかさんだりするわけです。当然そのぶん食料を多く消費することになり、生存し繁殖するのにそれだけ不利になります。
生物進化においては、個体として優れていることと種族として優れていることはイコールではありません。余計な能力を捨ててエネルギー消費を抑えたほうが種族として繁栄できる事の方が多いわけです。

果物や穀物、それに家畜も、美味しくなることで野生のものよりも今では大いに繁栄しています。すでに一部の魚も養殖という生き残る道を得ました。美味しくないものや醜いもの、見るだけで不快なものよりも、人は美味しいものを大切にします。人に食われることで種として生き残るという戦略もあり得る、と思います。

マグロは養殖するほど足りてないのでこの例に適さないかもしれない、、のはとりあえず置いといて。


マグロと人間のみ長年の関係ならまずくなる進化もあると思うのですが、

ここにマグロの天敵シャチやサメを加えると、
人間が食べてマグロが減った分シャチやサメの食料が減ってシャチサメの数、
つまり天敵が減ります。

あるいは「マグロがあまり好きじゃないタイプの」シャチやサメが生き残るかもしれません。この場合もマグロの天敵が減ります。

さらに生態系の関係を増やすと、もしかしてマグロはダイオウイカやクラゲが天敵だった時代があって、そこから逃げる形で今の味に変化したのかもしれません。

マグロ子ちゃんが、なんでDVダメ男に引っかかって喰われてるのか2人の関係だけ見てたら不思議ですが、もしかしてシャチ姉さんに使い走りにされ、サメ兄さんに金をせびられ、ダイオウイカ父さんから逃げて自暴自棄になったから、マグロなのかもしれません。

魚は他の生物が襲ってくるところまでは自覚できていると思いますが、その後殺させれて食べられるなどということや、ましてや人間が美味しいと感じていることまではわからないでしょう。
襲ってくる生物がいるから、それに対処する為に色や形をかえたり動きを速くするなどは、自らの意思で進化していくことは可能な部分なのかもしれません。

更に、人間が美味しいと感じるのは、魚が死んで一定の短い時間であって、自然の状態であればすぐに腐敗し臭くて食べられない状態になります。しかし、その腐敗した状態を好む生物もいますので、たとえ魚が自分を美味しいと自覚していたとしても、どの生物を基準に不味い肉にしていくのかという問題もあるでしょう。

また、種を繁栄させるという観点であれば、自らが餌になったり（同じ魚が増えてしまえば食べるものもなくなりますから、他の生物に食べられることも必要）、死後腐敗することによりプランクトンの餌となり結果的に同じ仲間の餌が増えるということにもつながります。
この場合、人間にとって美味しいところを作っているのではなく、プランクトンにとって一番美味しいと思われる腐敗状態にする必要があり、腐敗するまでの工程として人間にとって美味しく感じる熟成期間が存在するということも言えるかもしれません。