筋肉痛の肉って不味いんですかね？

牛の場合で考えてみました。
結論から言うと「筋肉痛だからマズイ」ということはないのではと思います。
人間がおいしいと感じている肉と、動物がおいしいと感じる肉には違いもあるかもしれません。
動物と人間では味覚が違いますし、それと人間の調理法一つで美味にすることもできます。。

話を戻して、まず、筋肉痛のメカニズムにそもそも諸説がありますね
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%AD%8B%E8%82%89%E7%97%9B

原因がはっきりしていないところもありますけど、牛などは放牧されてのんびり育っていたら
筋肉痛になることも少ないのではないとも思ってしまします。

とはいえ、仮に筋肉痛が起きるとして、部位としてはどこに筋肉痛が起きやすいか？
http://www.tajima-beef.jp/about/bui.html
もっとも活動力が多く、動かしていて疲労が蓄積されるだろう部位、ということから考えると５００キロ近い巨体を支えて歩行をする足まわりには負荷が高いことが考えられます？

そうなると、足回りの、スネ肉、前バラ、マル、内モモ、ソトモモとかは高負荷で筋肉痛が起きやすい部位かもしれないと推測できます。
で、この部位に共通するのって、赤身肉で煮込み料理に使われていることが多いというのが特徴です。

煮込み料理では、下処理を入念にしますし、頻繁なあく取り、香辛料を使用して臭みを取るなど、
調理は一手間も二手間も多くかかります。

となると、「筋肉痛の肉がマズイ」かどうかでいうと、筋肉痛が起きているかもしれない部位の肉はそのまま十分な調理をしないで食すには「人間には」美味とはいえないかもしれないが、「人間が美味と感じるように」適切な加工をして、調理の手間暇を十二分にかけると、「人間には」美味しく食べられるように加工できるというはいかがでしょうか？