2chまとめブログで、自サイト内の記事なのにクリックすると一旦リンク集？のようなページに飛んでそこから当該記事を探してクリックして戻って来る形式があるのですがあれはどんな意味があるんでしょうか？

広告を少しでも多く表示するためでしょう。

広告収入を増やすためでしょう。
そしてそういったやり方が広く普及しているという事は、まとめ運営者によって広告収入アフィリエイトの共同運営的な仕組みが出来上がっているという事だと思います。

広告収入もそうですが、他にも検索エンジン対策などの効果もあり、それらを狙ってのことだと考えられます。
検索エンジンはリンク元が増えれば増えるほど、検索時にひっかかる確率（検索優先度が上昇する）が高くなります。
そのため、わざとリンク集を間に挟むことによって、検索優先度を上げる点数を稼くことができるのです。

クリック数を増やす為です

また、閲覧記事から類似記事を検索したり
関連記事をどの順番で閲覧しているか？等のデータを取る為でもあります。

クリック数＝広告収入と考えても問題ないと思います。