LinuxでOpenSSLのバージョン混在させる設定について

はじめまして
3月末にSHA-1証明書有効期限が切れるため、SHA-2証明書をインストールするためにOpenSSLをアップデートしたいのですが、OSがRedhat Enterprise Linux4なので公式アップデートはSHA-1まででSHA-2にしようとするとトラブルになる可能性があるので、とりあえずサーバーには別途0.9.8を入れようと思います。
システムはApache Tomcatで動作しており、両バージョンを保持することでSSHなどのサービスが動かなくなることを回避しようと思ってます。
なお、試しにソースから/usr/local/sshにインストールし証明書を作って提出してみましたがエラーが発生したのでApacheやTomcatと正しく連携が取れていないんだと思います。
ご助力お願いします。