Movable Type version 4.1で作成されたWEBサイトにメールフォームが組み込まれているのですが、宛先のメールアドレスを変更する際にどういったファイルを参照したら良いか、想定される可能性を教えてください。

おそらくプラグインでメールフォーム機能を追加して作成していると思いますので、該当しそうなプラグインの設定を確認してみてください。

壱さんという方がかなり前からMovableTypeのプラグインを公開しています。
メールフォームプラグインV2.0(MT4.0、4.1対応)あるいはメールフォームプラグインV2.10(MT4.2対応※4.1でも動作可能)をインストールしていないでしょうか？


※一応、このプラグインの使い方のページも載せます。

・メールフォームプラグインV2.10の使い方
http://www.h-fj.com/blog/mtplgdoc/mailformv2.php
※メール送信先等の設定は、「その3・メールフォームの基本設定」の「5.設定を変える」を参照してください。

・メールフォームプラグインV2.0・その3（メールフォームの基本設定）
http://www.h-fj.com/blog/archives/2008/02/02-103011.php

※MT4.1が公開されてからセキュリティに関する機能も多数修正されています。
最新バージョン6.2のあるいはクラウド版の利用を検討した方がいいと思います。