MySQLがどんな物か想像、イメージすら出来ないので質問しました。
一般的に、他のアプリと連携して利用されるアプリは、PCやサーバーを起動したときに自動的に利用可能になるように起動される仕組みが用意されています。
アプリとペアで複数用意・起動するのではなく、代表の受付窓口をひとつ用意した方が管理が簡単になるからです。
例:Windowsのサービスとして登録する
MySQL :: MySQL 5.6 リファレンスマニュアル :: 2.3.5.7 Windows のサービスとして MySQL を起動する
OS Xにて起動デーモンに登録する
MySQL :: MySQL 5.6 リファレンスマニュアル :: 2.4.3 MySQL 起動デーモンのインストール
※Windows以外の環境でも、サービスと呼ばれることが多いようです。
環境によっては、コマンドライン(文面)で最初の登録を行う以外にも、起動や設定にマウス(GUI)を利用できる事があります。
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