条例でどこまで独自ルールを引けるのか気になっています。

http://sikaku.kenkou-jyouhou.net/index.php?%E6%9D%A1%E4%BE%8B%E3%81%A8%E6%B3%95%E5%BE%8B%E9%81%A9%E5%90%88%E6%80%A7

> 法令に違反しない限りにおいて

つまりそんな条例が議会を通過しても無効です。

条例は自治体の法制です
法制自体はいずれも立法機関＝議会のすることなので、議会では反対が勝らない限り成立可能でしょう
その成立した条例自体はそれとしては有効です
ただ、個別具体的な事案において、その条例が違憲であるか否かを争われれば、それを判断するのは司法機関で、その判断によります
要するに、制定する機関と、その違憲性を云々する機関が別なのです
よって、どんな条例も制定自体はできる。
違憲な条例は具体的な事案で判断され、違憲として無効化される可能性が高い。

> ・村民は車を保有する場合、すべて自動運転車にすること、違反したら100万円の罰金

こんな（少なくとも現時点では）ばかげた条例案が議会を通るとは思えませんが、仮にできたとして、道路交通法の文言に明確に反してはいないかもしれません。しかし、現在の道路交通法は自動車は人が運転するものと想定していると考えられます。
http://www.tuchiya-law.com/blog/2015/10/post-18-156041.html

そう考えると、このような条例はできたとしても道路交通法の趣旨に反すると考えられます。

それで、仮に議会を通った場合は、裁判による前に長がやるべきことがあります。
http://sikaku.kenkou-jyouhou.net/index.php?長の再議権

条例でどこまで独自ルールを引けるのか気になっています。
・村民は車を保有する場合、すべて自動運転車にすること、違反したら100万円の罰金
　
→
まず条例として成り立つ前に、社会問題化して、国をとおした自動車メーカーからの指導（という名の締め上げ）が入るとおもいます。とくに罰金部分です。
　
通常、このようなものは、条例化しなくても地方議会の予算決議などでやります。
「１００万円の罰金」は「自動運転車以外へは既存補助金を減額／ゼロにする」とよみかえれば、よくある手段です。
たとえば、アイパッドを小学生全員に配り、教育のためにつかわせる。という地方自治体は実在します。
http://www.iphone-mysterious.com/20130510084454.html
アイパッドは車と同様に換金性の高い高額商品ですから、実質的に補助金のようなものですよね。もらわない人は損をするだけです。強制で買わないと罰金というふうにはさすがにしません（執行機関の問題があり、罰金が支払えない経済状況のご家庭は最初から見逃しです）。
罰金を含む強引な条例案を出すような市長や議会は即座に住民の手でリコールがかかるのではないかとおもいます。
　
もし罰金ではなく逆に補助金を出すという予算案が成立となったとしても、「うちは、教育方針上子供にアイパッドは使わせたくない。むしろ、特殊な病気などでアイパッドが身辺にあると体によくない」として、損をあえて選択するご家庭もあったでしょう。
このような家庭にも押し付けようとすると、まず「もらわないでよい」という条例の例外が存在することの確認のための行政訴訟が起こされるでしょう。
もし「なるほど、もらうかもらわないかを任意で選べるようにします」といった場合も、さらに個人が不公平の是正を求めるケースもあり得ます。「アイパッドのかわりに、お金でください。うちの子はまず命が危なくて学校にいけてないから、治療費にあてさせてくれ！」という場合など。
そのような行政訴訟を多数起こされるようだとやはりその条例がうまくいってない（事前の意見どり、パブコメ、ができていない）のですから、民意が離れて、遅かれ早かれ、条例の廃止や議会解散につながるだろうとおもいます。この場合、憲法の財産権より、まず国民主権を踏みにじったということが一番問題になるのでは。
　
これを自動運転車についてさらに考えを進めると、
・運転という行為は小学生の学習よりもさらに個別で微妙な能力差や好みがある
・まだ対人事故の法律上の責任や、道路整備状況との完全な対応がとれていない不完全な技術である
と考えられますから、強引にであっても条例が成立することは、あとしばらくは、ないのではないでしょうか。
もしそれでも成立して、万が一、おっしゃるような仮定が実現して、その上で行政訴訟になるような事故があれば「役所が貧乏家庭無理やりかわせたのは人殺し車だった！（週刊誌の見出し）」と全国民の猛反発を喰らい、損害賠償が（自動車事故の被害者と加害者と両方から）自治体に請求され、自治体は損害賠償の多発で破産状態になり、条例は廃止され、全国どこでも二度と同じような条例案は提出されなくなります。「きわめて慎重に討論すべき、問題の多い条例案ですね」（よくあるキャッチフレーズ）

条例が国の法令に違反しているのであれば、当該条例は無効です。
法律と条令の関係について、最高裁判所は、徳島市公安条例事件において次のよう判示しています。
http://www.courts.go.jp/app/hanrei_jp/detail2?id=51070

「地方自治法一四条一項は、普通地方公共団体は法令に違反しない限りにおいて同法二条二項の事務に関し条例を制定することができる、と規定しているから、普通地方公共団体の制定する条例が国の法令に違反する場合には効力を有しないことは明らかであるが、条例が国の法令に違反するかどうかは、両者の対象事項と規定文言を対比するのみでなく、それぞれの趣旨、目的、内容及び効果を比較し、両者の間に矛盾牴触があるかどうかによつてこれを決しなければならない。例えば、ある事項について国の法令中にこれを規律する明文の規定がない場合でも、当該法令全体からみて、右規定の欠如が特に当該事項についていかなる規制をも施すことなく放置すべきものとする趣旨であると解されるときは、これについて規律を設ける条例の規定は国の法令に違反することとなりうるし、逆に、特定事項についてこれを規律する国の法令と条例とが併存する場合でも、後者が前者とは別の目的に基づく規律を意図するものであり、その適用によつて前者の規定の意図する目的と効果をなんら阻害することがないときや、両者が同一の目的に出たものであつても、国の法令が必ずしもその規定によつて全国的に一律に同一内容の規制を施す趣旨ではなく、それぞれの普通地方公共団体において、その地方の実情に応じて、別段の規制を施すことを容認する趣旨であると解されるときは、国の法令と条例との間にはなんらの矛盾牴触はなく、条例が国の法令に違反する問題は生じえないのである。」

＞村民は車を保有する場合、すべて自動運転車にすること、違反したら100万円の罰金
現行の法律では、国民が所有する自動車の種類等を制限する規定はありません。安全性に問題があり、車検を通る可能性がない自動車でも、所有することは許されています。これは、国民が所有する自動車については、いかなる規制をも施すことなく放置すべきものとする趣旨であると理解できます。
そうすると、所有する自動車を自動運転車に制限することは、国の法令に違反することとなりますから、当該条例は無効です。