プログラミングの上級者にお聞きします。

HTMLで昔ながらのHPを運営していますが・・
ページ数が多くて1ページづつ更新するのは大変な状況です。

現状は記事コンテンツ以外の場所は別々のPHPをで呼び出して更新していますが、
それでも今後を考えると苦労しそうです。

例えば、
ワードプレスなんかだとh2の上とかに自動広告を呼び出すのが主流だと思いますが
広告はともかく本文中を変更できるのはとても便利だと。

そこで力を借りたいのですが
現状からなるべく複雑にせず本文も含めてページを管理する方法はないでしょうか？

思いつくのはbody onLoadですべてのページをPHPを呼び出せる状態にすれば？とか考えていますが、セキュリティ的にも危なそうで。もっとスマートな方法はないでしょうか？

それともう1つ。
ヘッダー内にPHPの呼び込みってどうなんでしょうか？
問題ないのでしょうか。

このあたりセキュリティも含めてよろしくお願いします。