現状、レンタルオフィス(電話代行含む)と実際に賃貸している小さな事務所の2つがあり、今後、レンタルオフィスに法人登記を移転し、知り合いの事務所に間借りすることを考えています。

全ての手続きを「本社＝レンタルオフィス」で手続きすれば大丈夫と思います。間借りする友人の事務所の住所を出さなければ、友人の事務所に郵送物が届く事はないでしょう。

法務局、税務署、都道府県税事務所、年金事務所、労働基準監督局、ハローワークなどへレンタルオフィスの住所にて手続きを行う事は問題なしです。（レンタルオフィスの規約でOKである事だけは要確認）後は郵便局、銀行等々、民間の移転手続きですね。

社労士との契約があれば公的機関への手続きは全て代行してくれると思います。全て自分でやるのであれば、まずは法務局からですね。（登記簿を変更しないと、他の手続きが出来ないケースがありますので）

仮に税務調査など入った場合は、資料を自宅に移動して自宅に来てもらうか、資料を税理士事務所へ移動して、税理士事務所に来てもらえば大丈夫と思います。（税理士事務所がOKであればですが、私は税務調査はいつも税理士事務所でやってもらってました。）

質問の「本業(間借りしている知り合いの事務所に住所変更する、同じ市区町村に分室を置く)」の意味が良く分かりませんでしたが、友人のオフィスが通常の賃貸でしたら、通常は間貸しは規約違反になると思いますので、友人のオフィスのポストに別の会社名（貴方様の会社名等）を出すだけでNGになると思いますので、ご迷惑をおかけしないように注意されて下さい。

諸事情がなければ、本社を自宅で登記すればレンタルオフィスも不要とは思います。（自宅の賃貸契約での規約で可能であればですが）