外部参照する際のgitの使い方について

あくまでも個人的な好みの話です。

svn の externals に対応する機能は、git では submodules だと思います。
それらに、どんな利点を求めるかにもよると思うのですが、個人的には VCS (Version Control System) の範疇を超えていると思ったりします。

依存するライブラリのバージョンの違い、というと一見 差異が少ないような感じ設けますが、こういった質問が出るということは、そうでもないケースがままある、ということ。
ものによっては、メジャーバージョンが上がったら、考え方自体が丸っと変わったりすることもある。
それは、もう、別のライブラリとして扱った方が良いんじゃないかと。

なので、複数のライブラリ（バージョンの違いを含む）を受け入れるものを作るなら、こんな戦略を取ると思います。

• ライブラリやバージョンの判定を入れて、ひとつのものとして取り込んでいく
• どうにもならないなら、ブランチを別にする（古い方はあまり更新されないはず

そのターゲットにしてるものがライブラリのバージョンがどうとか、を気にしたくないのであれば、依存するライブラリのバージョン差を吸収するライブラリをかませて、それに依存するとか。

VCS の機能の範疇外にしてあげた方が、VCS がまっとうに育つような気がします。