江戸時代は、摂家の方が皇族より格上であったそうですが（禁中並びに公家諸法度で明確に決めていた）、徳川幕府がこれを定めた際には、それ以前のルールがあり、それを参照したのだろうと思います。新たに作ったわけではないと思います。そこでですが、「摂家の方が皇族より上であった」というのは、いつ頃からなのでしょうか？　

そういえば、摂関のことは、殿下と尊称します(「太閤殿下」など）。
江戸時代には、尊号一件もありました（第119代の光格天皇のとき）。