http://www.npa.go.jp/cyber/
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%90%E3%83%BC%E7%8A%AF%E7%BD%AA
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%90%E3%83%BC%E7%8A%AF%E7%BD%AA%E5%AF%BE%E7%AD%96%E5%AE%A4
たぶん・・としか言えません。
警察庁のサイバー犯罪対策室が対策に当たると思われますが、どのような被害を受けたかによって違う部署になる可能性もあります。
警視庁や自衛隊などにも担当部署がありますから。