PHPで作成したｻｲﾄにlightbox2を設置しましたが･･･おそらく､PHPで画像の一覧を表示していると思います｡
PHPがechoやprintで出力している<IMG>ﾀｸﾞに｢rel="lightbox"｣を追記すると良いです｡
ただし､出力部分の記述方法によっては"(ﾀﾞﾌﾞﾙｸｵｰﾄ)に\を付けなければいけないかもしれません｡
｢すべてのﾘﾝｸに自動付加｣をどういう方法で行っているかわかりませんけど｡
PHP側でなら､｢<a href="~"｣等とｱﾝｶｰﾀｸﾞを出しているところで､ﾌｧｲﾙの拡張子を見て｢rel="lightbox"｣を追加するかしないか決める｡
Javascript側でなら､やはりｱﾝｶｰ要素のhref属性を見て追加するかしないか決める｡
拡張子は｢.jpeg｣を含まないなら最後の4文字とか､または正規表現でもいい｡
｢拡張子判定 php｣とか｢拡張子判定 javascript｣とかで検索してみてください｡
