chromeがime-modeをサポートしてくれるのが一番いいのですが。
以前はflashを経由してIMEを制御するハックがあったようですが、現在は動かなくなったようにみえます。コードが変わったのか塞がれたのかわかりません。
Kazuho@Cybozu Labs: JavaScript から Flash の便利な機能を使う方法
関連しているように見えるエントリー:
らんらんるー: Google Chrome がアップデート、でもFlashのIME制御は相変わらずNG
回答としてはたぶん無理です。