＞以外で何かありますでしょうか？

1. ﾛｸﾞｲﾝ･ｴﾗｰ(ｾｯｼｮﾝｴﾗｰ)
2. Apacheのｴﾗｰﾛｸﾞ
3. MySQLのｴﾗｰﾛｸﾞ

＞ｴﾗｰｺｰﾄﾞ関係を｢どこまで｣｢どのようにして｣保存しておけばよいのか基準
保存は全部｡
形式はﾃｷｽﾄ｡

質問であげられたもの以外で､必要だと思われるもの｡

• syslog
• apache のｴﾗｰﾛｸﾞ
• MySQL のｴﾗｰﾛｸﾞ

もし､保存ｽﾍﾟｰｽに余裕があるなら､以下のものも保存しておきたい｡

• apache のｱｸｾｽﾛｸﾞ
• sar (ﾛｸﾞじゃないですが)

どのくらい真面目にｻﾎﾟｰﾄをするかにもよるのですが､問題の報告があったときのﾛｸﾞが無いと意味がありません｡
個人が片手間にｻｰﾋﾞｽを運用するのであれば､毎日ｻﾎﾟｰﾄをするのはきついと思うので､二週間程度は保存しておかないと駄目なんじゃないかな､と思います｡

保存については､ﾌｧｲﾙとして出力されているものを gzip などで圧縮して保存しておけば良いと思います｡
もし､積極的にﾛｸﾞの内容を監視する､ということであれば､保存ｽﾍﾟｰｽに余裕があるならﾌﾟﾚｰﾝのままの方が閲覧しやすいかも｡

何の目的でﾛｸﾞを取るのかによると思います｡
開発が終わっているとのことで､これが､本番環境で
全く何の問題も無くｼｽﾃﾑが稼働するとしているﾚﾍﾞﾙで､
開発が終わっているのでしたら､上記に加えてApacheのﾛｸﾞ監視｡
また､ｻｲﾄへのｱｸｾｽへの監視､さらに掲示板への不正書き込みへの
ﾛｸﾞが必要だと考えます｡

開発が終わっていないのでしたら､気になるところを全てﾛｸﾞを取る必要があります｡
このとき､ﾛｸﾞを取るためのｸﾗｽを用意しておくと後の保守が便利です｡
Debug用と､Release用で､書き込む内容を変えるのです｡

また､機能によって､ﾛｸﾞのﾌｧｲﾙ名を変更することも､ｸﾗｽ内に実装しておきます｡
さらに､ﾛｸﾞﾌｧｲﾙが巨大化してしまったことを考えて､
そのﾛｸﾞﾌｧｲﾙが任意の容量以上になってしまった場合は､
自動的にﾛｸﾞﾌｧｲﾙ名の連番を取ることもしておきましょう｡

こういうことは全て､ﾛｸﾞ用のｸﾗｽに詰め込んでおき自動化します｡

↓のような人がやっているような感じです｡
http://d.hatena.ne.jp/kazpgm/20100118/1263836416

自称初心者ならば､自分で実装をした方がｿｰｽを読んでいくより簡単だと思います｡
(でも､大体こういうことをする人(ﾛｸﾞを出力しようとする人)って､既に初心者ではないとおもうんですよね♪)

頑張って下さいね｡