htn.toの実装は分からないのですが､自分がもし短縮URLのｻｰﾋﾞｽを作るとしたら､登録されたURLをﾃﾞｰﾀｰﾍﾞｰｽのIDで管理し､そのID番号を36進数に変換したものを短縮URLとして使います｡

つまり､http://hatena.ne.jp/ というURLをID番号123456に紐付けしたとしたら､その短縮URLは｢http://hoge/2n9c｣となります｡

仮にIDを64bitまで管理する想定でも､1844京6744兆0737億0955万1616 まで扱えますから､IDの枯渇は当面気にする必要はないかと思います｡