ﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞは｢home.php｣または｢index.php｣を利用します｡
Wordpress初心者のようですので分かりやすい｢index.php｣をご自由にﾃﾞｻﾞｲﾝしてください｡
wordpressは｢home.php｣と｢index.php｣の両方があると｢home.php｣を優先するので､｢home.php｣はｻｰﾊﾞｰにｱｯﾌﾟしないでください｡

ﾎｰﾑ以下の2ｶﾗﾑとなる2ndﾚﾍﾞﾙ以下は｢category.php(ｶﾃｺﾞﾘｰ)｣｢archive.php(ｱｰｶｲﾌﾞ)｣｢single.php(記事)｣が一般的には最低限のﾌｧｲﾙとして考えられます｡

｢single.php｣に｢loop.php｣を読み込ますこともできますが､理解しやすいように初めは｢single.php｣を記事ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄとして作ってください｡

2ｶﾗﾑの場合､左ｶﾗﾑに記事､右ｶﾗﾑにﾒﾆｭｰ､というﾚｲｱｳﾄが考えられます｡

右ｶﾗﾑのﾒﾆｭｰ部分のﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄには｢sidebar.php｣を読み込みます｡

つまり､2ｶﾗﾑでﾒﾆｭｰを表示させたい場合は｢sidebar.php｣を読みこませれば良いことになります｡

詳しい内容は｢wordpress codex｣でも調べることができますよ｡
http://wpdocs.sourceforge.jp/Main_Page

ﾃﾞﾌｫﾙﾄのﾃｰﾏか､あるいは管理画面からﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞしたﾃｰﾏを利用しているのでしょうか？
方法はいくつかあると思いますが､ﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞ用の固定ﾍﾟｰｼﾞとそのﾍﾟｰｼﾞ専用のﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄを作成して使用するのがいいのではないかと思います｡

http://wpdocs.sourceforge.jp/Pages
固定ﾍﾟｰｼﾞ用のﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄは､上記ﾍﾟｰｼﾞにあるように｢Template Name: ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄ名｣という記述を上部に入れます｡
(ﾌｧｲﾙ名は､wordpressで使用するﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄで使用する物でなければ何でも大丈夫です｡)

<?php
/*
Template Name: ﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞ専用
 */
get_header(); // 共通のﾍｯﾀﾞｰを表示する為に必要です｡
?>
<!-- これ以降は自由に記述してください｡ -->
<div id="primary">
<div id="content" role="main">
<?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

<div class="entry-content">
<?php the_content(); ?>
</div>
<?php endwhile; ?>
</div><!-- #end content -->
</div><!-- #end primary -->
<?php get_footer(); // 共通のﾌｯﾀｰを表示する為に必要です｡
?>

※上記のようにした場合､固定ﾍﾟｰｼﾞの編集画面の｢ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄ｣のﾌﾟﾙﾀﾞｳﾝﾒﾆｭｰに｢ﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞ専用｣が追加表示されます｡
※固定ﾍﾟｰｼﾞの内容を表示する一例ですので､作成したい内容のHTMLに変更してください｡

上記ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄを適用して固定ﾍﾟｰｼﾞを作成したら､管理画面の｢設定｣→｢表示設定｣のﾌﾛﾝﾄﾍﾟｰｼﾞの表示で､｢固定ﾍﾟｰｼﾞ (以下を選択)｣にﾁｪｯｸを入れ､｢ﾌﾛﾝﾄﾍﾟｰｼﾞ:｣には作成した固定ﾍﾟｰｼﾞを選択します｡(｢http://www.example.com/｣で作成した固定ﾍﾟｰｼﾞが表示されます｡(ﾌｧｲﾙ名まで指定する場合､index.htmlではなくindex.phpになります｡)
※wordpressﾃﾞﾌｫﾙﾄのﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞのような記事一覧ﾍﾟｰｼﾞも必要な場合は､内容は空でもいいので固定ﾍﾟｰｼﾞをもう一つ作成して､｢投稿ﾍﾟｰｼﾞ:｣にそのﾍﾟｰｼﾞを選択しておくと､その固定ﾍﾟｰｼﾞ表示で本来の記事一覧が表示されます｡(必要ない場合は､未選択にして｢- 選択 -｣のままにしておきます｡)
※記事一覧ﾍﾟｰｼﾞはindex.phpを使用していますので､既成のﾃｰﾏを利用していない場合は､index.phpを一覧ﾍﾟｰｼﾞ用のｺｰﾄﾞで作成する必要があります｡

http://www.adminweb.jp/wordpress/disp/index3.html


ﾃｰﾏのそれぞれのﾌｧｲﾙについては､以下のﾍﾟｰｼﾞを見ておくといいです｡(単一の投稿(記事)ﾍﾟｰｼﾞ､固定ﾍﾟｰｼﾞ､ｶﾃｺﾞﾘｰﾍﾟｰｼﾞ等は､それぞれ利用するﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄﾌｧｲﾙが決まっていて､各々のﾍﾟｰｼﾞが適用する優先順位は以下のﾍﾟｰｼﾞに記載されています｡)
http://wpdocs.sourceforge.jp/ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄ階層
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%88%90


個別投稿(記事)ﾍﾟｰｼﾞを2ｶﾗﾑにするには､既存のsingle.phpに次のように｢<?php get_sidebar(); ?>｣を追加して､CSS(style.css)を編集します｡

<?php get_sidebar(); ?>
<?php get_footer(); ?>

※固定ﾍﾟｰｼﾞも2ｶﾗﾑにしたい場合は､page.phpにも同じように追加します｡
※ﾌｯﾀｰ読み込みの直前で大丈夫だと思いますが､利用しているﾃｰﾏによって異なる場合もあるかもしれません｡
※CSSは利用しているﾃｰﾏがある場合は､そのﾃｰﾏの2ｶﾗﾑのﾍﾟｰｼﾞ(※index.phpがたぶん2ｶﾗﾑになっています｡ﾃｰﾏによっては3ｶﾗﾑの場合も･･･)のHTML構造等を確認して編集するといいです｡(Firefox＋FirebugあるいはGoogle Chromeなどのﾌﾞﾗｳｻﾞで表示して､HTML要素を確認するのが簡単です｡)

･Google Chromeのﾃﾞﾍﾞﾛｯﾊﾟｰﾂｰﾙについて
http://gihyo.jp/dev/feature/01/devtools/0001
※1ﾍﾟｰｼﾞ目と2ﾍﾟｰｼﾞ目を確認してください｡


条件分岐ﾀｸﾞを覚えておくと､ﾍﾟｰｼﾞによって異なる表示に出来るので(※ﾍﾟｰｼﾞごとに異なるｻﾌﾞﾒﾆｭｰを表示したい場合など)便利です｡

･条件分岐ﾀｸﾞ
http://wpdocs.sourceforge.jp/Conditional_Tags

上記にあげたﾍﾟｰｼﾞ以外にも､ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄやﾃｰﾏ作成に関するﾍﾟｰｼﾞだけでも､ﾄﾞｷｭﾒﾝﾄは一通り目を通してみてください｡
※利用しているﾃｰﾏで使用されている関数やﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄﾀｸﾞなどを確認する程度でもいいです｡

＞それとも､ﾄｯﾌﾟﾍﾟｰｼﾞ用のﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄと､
＞それ以外のﾍﾟｰｼﾞ用のﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄを
＞分けた方がｼﾝﾌﾟﾙなのでしょうか？

1ｶﾗﾑと2ｶﾗﾑの構造にもよりますが､
CSSのみで対応できるのなら､同じほうが良いでしょう｡
逆に､CSSを切り替えるだけで両方共通になるようにするのがﾍﾞﾀｰだと思います｡

動的にcssﾌｧｲﾙを切り替える
http://ja.forums.wordpress.org/topic/4101


全然別な構造のとき
どちらが良いかという話ですが､これには正解がありません｡
質問を見ている限りでは､分けないほうがﾍﾞﾀｰだと思います｡

それ以前に､もともとWPのﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄは
あまりきれいな構造でもなんでもないですから｡