ﾊﾟｿｺﾝのUSB端子がｹｰﾌﾞﾙでﾊﾞｯｸｱｯﾌﾟ用のHDDにつながっています｡そのﾊｰﾄﾞﾃﾞｨｽｸのﾌｧｲﾙやﾌｫﾙﾀﾞを参照しているﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑのｳｨﾝﾄﾞｳをすべて閉じてください｡
ﾊｰﾄﾞﾃﾞｨｽｸに置いてある Excel のﾌｧｲﾙを開いてる､なんてのはもちろん､以下のようなものについてもｳｨﾝﾄﾞｳを閉じる必要があります｡
とか､書いてますが､大変に分かりにくいです ＞Windows
↓のようなﾂｰﾙを使うと､どのﾌﾟﾛｾｽが掴んでるか､一発で分かるんですが､そのためだけにｲﾝｽﾄｰﾙするのもねえ､という気はします｡
http://technet.microsoft.com/ja-jp/sysinternals/bb896653
いくつか例を挙げます
(1)外付けHDDがNTFSﾌｫｰﾏｯﾄされている場合
本体の電源を入れたままの状態での取り外しは出来ません
ﾊﾟｿｺﾝの電源を切ってから外付けHDDの電源を切るしかないです
(2)稼動中のｿﾌﾄがある場合
ｿﾌﾄを終了してから｢ﾊｰﾄﾞｳｪｱの安全な取り外し｣を実施します
(3)固有のﾄﾗﾌﾞﾙが発生している場合
ﾊﾟｿｺﾝの電源を切ってからということになりますが､
ﾄﾗﾌﾞﾙによっては､外付けHDDの情報が壊れる可能性がありますので､
外付けHDDにあるﾌｧｲﾙを本体側や他のHDDやUSBﾒﾓﾘなどにも､
改めてｺﾋﾟｰしてから電源を切るくらいの用心はしたほうがいいですね
ﾌﾘｰｿﾌﾄの UnplugDrive Portable を使ってみてください｡
http://homepage3.nifty.com/yamakox/UnplugDrivePortable/index.html
ﾊﾟｿｺﾝのOSは 何でしょうか？
XPだと そういうことが たまに起こりえます｡
ｻｰﾋﾞｽﾊﾟｯｸが入ってなければ 入れたらいいでしょう｡
あと ﾀｽｸﾏﾈｰｼﾞｬｰで explorerをいったん終了させてから
再度 explorer を起動させ､取り外したらいかがでしょうか？
PCを正常にｼｬｯﾄﾀﾞｳﾝして､USBを抜いて､PCを起動すれば大丈夫ですよ｡
PCの｢最近開いたﾌｧｲﾙ｣や､ｴｸｾﾙやPDFﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑなどが､USBﾄﾞﾗｲﾌﾞ上のﾌｧｲﾙ名をおぼえていて､使用中だと勘違いしているんです｡正常にｼｬｯﾄﾀﾞｳﾝすれば大丈夫です｡
