MATLAB Report Generatorを使ってはどうでしょう。
http://www.mathworks.co.jp/products/ML_reportgenerator/
ドキュメント作成のためのフリーソフトを使う手もあります
http://www.doxygen.jp/
doxygenでm-fileを扱うための情報は下記
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/25925-using-doxygen-with-matlab