ROLLBACKするような設計はMyISAM向きではありません｡

MyISAMを適用する場合は､AﾃｰﾌﾞﾙとBﾃｰﾌﾞﾙを更新するﾃﾞｰﾀをあらかじめﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ側でｳﾞｧﾘﾃﾞｰｼｮﾝﾁｪｯｸし､更新は絶対に失敗しないように設計すべきです｡

この点については､MySQL公式ﾏﾆｭｱﾙの下記のﾍﾟｰｼﾞで詳しく述べられています｡
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/ansi-diff-transactions.html

不整合が起こることを前提に設計するしかありません｡



＞Aﾃｰﾌﾞﾙの更新に成功後､Bﾃｰﾌﾞﾙの更新で失敗した場合は､例外を補足して
＞Aﾃｰﾌﾞﾙの内容を元に戻すように更新し直すのでしょうか？

たいていはそれでも問題がないことが多いですが､
元に戻そうとしたら､その処理がｴﾗｰになって元に戻せないとかもありえます｡


一貫性を保つ機構はﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ側でやるしかないわけですが
完璧に一貫性を保つのは無理だという前提で､
設計する必要があります｡