http://edit.freemap.jp/trial_version/edit/japan
体験版です。
体験版で色を塗った地図をダウンロード(pngファイル)できます。
文字は 都道府県名のみのようですが、色塗りだけなら十分使えるでしょう。
色は 左上の四角い箇所で 変更できました。
最初は 黒でしたが。
「MANDARA」というGIS無料ソフトがありますが、その機能の一部で実現できます。
http://ktgis.net/mandara/
47都道府県の日本地図が付属していますので、Excelで青と赤の県別フラグを
http://ktgis.net/mandara/mapping/index.html
作成することになるでしょう。
県別の塗り分けだけにはやや大げさなソフトなのですが、今後いろいろな応用ができるということで、ご勘弁ください。
日本地図ジェネレーター
webサービスなので楽でいいのでは