パソコンからはアップロードしたうごメモを削除することはできません。
削除する場合はヒモ付されたDSからうごメモシアターのマイルームから削除する必要があります。
参考
http://www.hatena.ne.jp/faq/q/ugomemo
Q 投稿した作品を全て削除したいです。
A 投稿した作品を全て削除したいという場合、うごメモシアターのマイルームから作品をひとつずつ削除していただく必要がございます。「はてなから退会」や「うごくメモ帳の削除」、「ニンテンドーDSiの初期化」を行われても、投稿した作品は削除されませんのでご注意ください。