それは履歴によるかと思います。
DSで消せるネットの履歴はネットに保存してある情報であればPCでも同様に消せますし、PCのプラウザで確認できる履歴は基本的にはDSiや3DSのプラウザでも確認できるかと思います。
インターネットに書き込まれた情報というのは、削除してもサービスを提供しているサーバにログとして残ったり、情報を収集する外部サービス、例えばGoogleのキャッシュに一定期間残ったり、Internet Archiveのような時系列で保存するサービスに残る可能性もあります。
ただ、はてななどで一度個人情報を記入し削除したログなどは容易に外部からアクセスして確認することはできないようになっていると思いますので、それほど心配することもないかと思います。