はてなを退会してからがいいと思います｡
MYはてなで現在の紐付けをはずす手続きができるようなので､
それを行ってからDSを初期化したあと､
もう一度紐付けをすればいいとおもいます｡
ただし､同じﾊﾟｽﾜｰﾄﾞやIDは利用できないはずなので､
新しいのを考えておく必要があると思います｡

gmail(僕のおすすめ)→登録→うごﾒﾓはてな→会員登録(前と一緒)→仮登録→ﾒｰﾙ見て→本登録→DSI→うごﾒﾓはてな→うごﾒﾓｼｱﾀｰ→登録(iDpass)→数時間後→設定完了
こんなもんです｡わからなかったらすみません｡