一つは宗教上の理由で､自由と博愛を説くｷﾘｽﾄ教を､武力支配の幕府が許すはずがありません｡
二つ目は外様大名､引いては豊臣方がが鉄砲や大砲を自由貿易によって手に入れるのを恐れたためです｡
三つ目は､そんな強力な物品を幕府が独占するため｡鎖国とは完全に国を閉ざす事ではなく長崎の出島をはじめとするいくつかの拠点に出入り口を絞る事で､幕府が貴重品や武器の出入りを把握したかったという狙いがあります｡

簡単にざっくりいうと､こんな感じでしょうか｡

島国だからあれこれ入ってくると国が乱れるとε=ε=(ﾉ≧∇≦)ﾉ
今もなかなか乱れてるじゃない(*≧∀≦*)
布教活動の裏で奴隷船で女をﾊﾞﾝﾊﾞﾝ連れ帰ったのが､一番勘に触ったんじゃないかしらね？