まず1つ目として､SDに保存したﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑやﾃﾞｰﾀを3DS本体にｺﾋﾟｰして､3DSから別のSDにｺﾋﾟｰするという方法が挙げられます｡

2つ目として､ﾊﾟｿｺﾝにSDｶｰﾄﾞを刺して丸ごとｺﾋﾟｰする方法が挙げられます｡
任天堂のﾍﾟｰｼﾞでもこの方法が紹介されています｡
http://www.nintendo.co.jp/3ds/support/qa/index.html#qa31
ﾊﾟｿｺﾝにSDｶｰﾄﾞを刺す場所が無い場合は後から追加することもできますし､
SDｶｰﾄﾞをUSBﾒﾓﾘの形に変換する機器(百円ｼｮｯﾌﾟでも手に入るようになってきました)も売ってます｡