Apache付属ツールのrotatelogsを利用することにより、毎日ログファイルをローテーと挿せたり、ログファイル名に日付を付与することができます。
http://httpd.apache.org/docs/2.2/programs/rotatelogs.html
古い日付のログファイルを圧縮して、アーカイブ用のドライブに移動するのが一般的な方法です。
http://satospo.sakura.ne.jp/blog_archives/tech/apache/logrotation.html
ふつうはそういうのはローテーションで自動的に掃除されるわけですが・・・
http://wimax.blog64.fc2.com/blog-entry-91.html
ドンピシャのページがありますよ
http://vine-linux.ddo.jp/linux/apache/accesslog.php
http://okwave.jp/qa/q412783.html
こちらはどうでしょう。