｢新次元｣の作品という意味を込めたようです｡次元を表すのに､XやYを使うことからですね｡

ﾎﾟｹﾓﾝ総合ﾌﾟﾛﾃﾞｭｰｻｰでﾎﾟｹﾓﾝ社長の石原恒和氏は､XとYのﾈｰﾐﾝｸﾞには｢新次元｣の作品という意味も込めたと説明｡従来のﾎﾟｹﾓﾝだけでなく､今回登場する新たなﾎﾟｹﾓﾝを加えるとﾎﾟｹﾓﾝの種類は実に700を超えるといい｢より複雑で豊かな生態系をもった､新次元のﾎﾟｹﾓﾝ世界を堪能ください｣と自信をのぞかせる｡

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20130108-00000331-oric-game

【追記】
伝説のﾎﾟｹﾓﾝ､XerneasとYveltalをも表しているようです｡
http://www.inside-games.jp/article/2013/01/10/62805.html