Sub main()
Dim p As String
'対象ﾌｫﾙﾀﾞを指定してください｡
'このﾌｫﾙﾀﾞに この実行用のﾌﾞｯｸは 入れないでください｡

p = "C:\test\"

'処理対象となる拡張子を指定して 呼び出します｡
Call jikkou(p, "csv")

End Sub


Sub jikkou(p As String, s As String)

Dim bk() As String
Application.DisplayAlerts = False
 
f = Dir(p & "*." & s, vbNormal)

Do While f <> ""
 k = 0
 ReDim bk(k)
 
 ch1 = FreeFile
 Open p & f For Input As #ch1
 
 Do While Not EOF(ch1)  'ﾌｧｲﾙの終端かどうかを確認します
 Line Input #ch1, textline  'ﾃﾞｰﾀ行を読み込みます
 ReDim Preserve bk(k)
 bk(k) = textline
 k = k + 1
 Loop
 Close #ch1
 
 ch2 = FreeFile
 Open p & f For Output As #ch2
 For i = 0 To k - 1
 If bk(i) <> "" Then
 For b = i + 1 To k - 1
 If bk(i) = bk(b) Then
 bk(b) = ""
 End If
 Next b
 Print #ch2, bk(i)  'ﾃﾞｰﾀの書き込みをします
 End If
 Next i
 Close #ch2
 
 f = Dir
Loop

Application.DisplayAlerts = True

End Sub

ﾎﾞﾀﾝとかは使わず重複行をすべて削除して重複しないようにしました｡
行全体で 重複のﾁｪｯｸをしています｡