とりあえず3つにしてみました｡

Dim objFile ' 対象ﾌｧｲﾙ
Dim oldText ' 置換前ﾃｷｽﾄ
Dim newText ' 置換後ﾃｷｽﾄ
Dim objFSO ' ﾌｧｲﾙｼｽﾃﾑｵﾌﾞｼﾞｪｸﾄ
Dim objRep ' 正規表現ｵﾌﾞｼﾞｪｸﾄ
Dim repText ' 置換後文字列
Set objFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objFile = objFSO.OpenTextFile("hoge.txt")
oldText = objFile.ReadAll

' ｵﾌﾞｼﾞｪｸﾄの準備とﾊﾟﾗﾒｰﾀ設定
Set objRep = New RegExp
objRep.Multiline = True
objRep.Global = True

' 置換条件の設定と置換実行(1)
objRep.Pattern = "a\n"
repText = "1"
newText = objRep.replace(oldText, repText)

' 置換条件の設定と置換実行(2)
objRep.Pattern = "b\n"
repText = "2"
newText = objRep.replace(newText, repText)

' 置換条件の設定と置換実行(3)
objRep.Pattern = "c\n"
repText = "3"
newText = objRep.replace(newText, repText)

objFile.Close
Set objFile = objFSO.CreateTextFile("aab.txt")
objFile.WriteLine (newText)
objFile.Close

下記も参考にして置換で必要な手続き順序を学習してみてください｡
http://q.hatena.ne.jp/1362838683#a1193082

置換の指定ですが

repText = "1"
objRep.Pattern = "a\n"
newText = objRep.replace(oldText, repText)

で ｾｯﾄになります｡

この場合だと oldTextの内容を objRep.Patternの検索条件で repText に置き換えてnewText にｾｯﾄするということです｡

つまり､置換条件を追加する場合は､この置換処理を追加してやればいいだけです｡

あと､置換元の変数も 置換したものに 変えたほうがいいですね｡

これを理解すれば いくらでも追加できるでしょう｡