以前は、匿名で質問という機能がなかったからです。
つまり、匿名のように 他人に質問していることを知られたくないというようなことを 質問する場合に用いていました。
ただ サブアカウントは、質問だけでなく、ダイアリーなど ほかの用途にも使えますけどね。
http://d.hatena.ne.jp/keyword/%A5%B5%A5%D6%A5%A2%A5%AB%A5%A6%A5%F3%A5%C8
まずはてなのアカウントはメインアカウントを複数取得することが規約で禁じられています。
そのため、複数のアカウントが必要な人のためにできたのがサブアカウントです。
取得する目的はダイアリーを複数作ったりするためなどです。
私も場合はメインアカウントのID(このアカウントはサブ)が気に食わなかったので作ったのもあります。
で、質問者は
人力検索で自作自演に使うため
というふうに考えてますが、例えばAというメインアカウントとBというサブアカウントがあります。
一つの質問に対しAのアカウントで答えるとBのアカウントで答えることはできません。仕様です。
コメントは書けてもも回答はできないようです。
公式でできた当初は「用途に合わせて複数のダイアリーを持ちたい」という要望を受けてサブアカウウント作成可能にしたようです
http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/20050616/1118906268
これまで、はてなのアカウントは1人1アカウントとさせて頂いておりましたが、「用途に合わせて複数のダイアリーを持ちたい」といった要望を頂いており、こうした要望を受けて第2、第3のアカウントを作成可能としました。
コメントにも書いていますが自作自演はできません
http://www.hatena.ne.jp/help/account
◦はてなの主なサービスの利用(人力検索での自分の質問への回答や、はてなアイデアの利用はできません)。
万が一、パスワードが盗まれてアカウントがのっとられた時のためや悪い用途としては質問終了間際に回答する回答者がよく通報されるのでリスク分散のために使っています(悪い用途はたぶんですが…)
人力検索で自作自演と書いたのは、自分で質問して回答するという意味ではなくて、メインとサブアカウントを使って、複数人が他の質問者や回答者の批判をするように見せかけたり、回答拒否の数を稼いぐために使っているのではないか、という疑問です。
>メインとサブアカウントを使って、複数人が他の質問者や回答者の批判をするように見せかけたり、
これは できません。
>回答拒否の数を稼いぐため
これは 可能ですが、そのような目的で作られたものではありません。