そういうことは中学校の先生としてあり得ないと思われます｡
いじめられていることを相談された場合､先生は､それが事実であればやっかいとか思うべきではありません｡
ただ､事実かどうかを判断するのは難しいです｡生徒の言うことがあやふやだと､単なる部活のもめごとをいじめといって告げ口してきただけかどうか､先生も判断に困ります｡
ぼんやりと｢こういわれた｣｢僕はくやしくて泣いた｣だけではなく､
｢?月?日､?に呼出された｡そのとき､おまえは??するな､ということと､??という罵倒を確かにいわれた｡脅迫するのかといったがそれには返事をせず次に??したら呼出して殴るといわれた｡
そのことで学校できちんとするべき??が自分でできなくなってすごく困った｡｣
などのような､新聞記事のような客観的なﾒﾓにするべきです｡

相手に責任をとらせることができるかについては､よほど実害(ｹｶﾞ､お金)がないかぎり､それはないです｡いじめっ子(であるとあなたが主張している子)も大事な生徒の一人だからです｡
先生が内申をどう書いたかはﾌﾟﾗｲﾊﾞｼｰです｡受験直前に本人に点数だけを知らせる(文章は内緒にされる)ものですので､もしあなたかいじめっ子のどちらかに悪印象があって内申の文章部分が微妙によくないものに変更されても先生ははっきりそうとはいわないはずです｡
ただいずれにせよ､恐れずに先生に相談するほうがいいとおもいます｡
相手と自力で話して考えをかえさせることができそうならこの質問はしなかったでしょう？
相手も自分に対して困っていること､いやなことをされたことが存在するのかもしれません｡お互い相手をいじめっ子とおもっているかもしれません｡
相手と直接はなせないくらいひどいのなら内申のことは気にせず早いうちに先生に自分の考えていることをしらせて､仲裁してもらったほうがいいです｡