no titleの､｢ﾚｲﾔの結合｣ですね｡
ﾚｲﾔｰというのはそもそも透明なﾌｨﾙﾑに絵を書いていき､重なったときは上のﾚｲﾔｰが見える､というようにあつかわれるものです(ここまではいいですよね)｡
｢ﾚｲﾔの結合｣に二種類ある理由は､できあがりが白い紙に塗ったようにするか､透明なﾌｨﾙﾑのままにするかです｡そして､どんなｿﾌﾄでも､保存時の形式がPNG･gif以外のもの(jpgなど)の場合はどう保存しても白い紙みたいに背景色の白が補完されます｡jpgには透明ﾋﾟｸｾﾙという概念はありませんから｡

あなたのが､どういう風に望む画像からｽﾞﾚたのかはわかりませんが､想像してみましょう｡たぶん､ﾘﾝｺﾞの上に人物ﾚｲﾔｰや髪の塗りﾚｲﾔｰがあったはずなのに､髪からﾘﾝｺﾞが透けてみるのが困るのでしょうか｡ふつう､作業中におかしいと気づくはずですが､これは多分､髪が半透明塗りなので作業中に気づかれなかったのだとおもいます｡(または､髪の影塗りﾚｲﾔｰを｢乗算｣などにしていそうですね)
であれば､やはり不透明にして統合したほうがいいです｡
しかし､ｱｲｺﾝに使うのに背景の白を切り抜いて捨てるのが面倒などの理由で､どうしても透明統合→png･gif保存でｱｲｺﾝに使いたい場合(背景色が透明が望ましい場合)は､髪の半透明塗りの下に一枚新規ﾚｲﾔｰをつくり､髪を範囲選択してから新規ﾚｲﾔｰを白で塗りつぶした不透明ﾚｲﾔｰをつくって挟ませたままにしておくようにすれば､ｴﾗｰが回避できそうな気がします｡
Pixiaについて

id:NAPORIN