robocopyコマンドを使えばエラーをスキップしてコピーできます。
こちらを参考にしてみてください。
http://okanos.com/2008/11/10120000.php
FastCopyというフリーウェアが便利です。
オプションを設定する事で、エラー時はスキップし、スキップした内容が画面下のログに残ります([エラー時継続]にチェック)。
また、オプションで処理時間の予測も可能です。([予測]にチェック)
■作者ページ
http://ipmsg.org/tools/fastcopy.html
■Vector
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se360695.html